La structure actuelle de la Team Rocket fonctionne selon un système pyramidal au sommet duquel trône les deux Big-Boss actuels.

Juste en-dessous d’eux, l’organisation se sépare en cinq sections distinctes. Ces cinq sections sont toutes chapeautées par un commandant personnellement désigné par les deux dirigeants de la Team Rocket. Leur réelle identité n’est en principe connue que des Big-Boss et chaque commandant est surnommé par le nom de la section qu’il dirige.

Chacune de ces sections est constituée de la manière suivante :
▬ un commandant
▬ deux lieutenants, se répartissant la région de Kanto entre la zone nord, comptant les villes de Bourg-Palette, Jadielle, Argenta, Azuria et Céladopole, et la zone sud composée des villes de Cramois'Île Parmanie, Carmin-sur-Mer, Safrania et Lavanville
▬ des agents et des sbires

Pour en savoir plus les postes occupés à l'heure actuelle, il suffit de consulter le topic dédié dans les bottins du forum.
➜ Bottin : Membres de la Team Rocket

RUBIS (vol, racket, extorsion)
Cette section assure les profits illégaux de l’organisation par le biais de vols, de cambriolages, d’opérations de détournements de fonds sans oublier les numéros de chantages et d’intimidation. Le blanchiment de cet argent sale fait également partie de ses attributions.

ÉMERAUDE (assassinat, nettoyage)
Cette section est spécialisée dans l’éliminatrion et le meurtre des cibles de l’organisation, tout comme des témoins génants. De plus, elle assure également toutes les opérations de nettoyage pour effacer toute trace d’interventions de la Team Rocket. Elle développe également de nouvelles toxines et de nouveaux poisons.

SAPHIR (trafics)
Cette section se concentre sur l’ensemble des trafics menés par l’organisation. Cela concerne autant le trafic d’armes que celui des Pokémons ou encore d’êtres humains. À la fois source de revenus mais également de matériels et de main-d'œuvre, le réapprovisionnement et la revente sont ses maîtres mots.

DIAMANT (sciences et recherches)
Malgré l’échec du projet Mewtwo, les expériences génétiques concernant les Pokémons ne sont pas un projet abandonné par l’organisation mais, aujourd’hui, leur fer de lance est avant tout la création et l’élaboration d’outils technologiques afin de pouvoir mieux contrôler la nature des Pokémons.

CRISTAL (recrutement et formation)
La section primordiale de l’organisation puisque c’est elle qui se charge de repérer tous les candidats potentiels et tous les profils intéressants pour l’organisation. Elle assure autant le recrutement que la formation des agents de terrain comme des agents plus spécialisés.